Ca donne ceci comme exemple :

Sub test()
Range("A1") = "Et on souligne seulement une partie du texte."
Range("A1").Characters(16, 13).Font.Underline = True
End Sub

On peut aussi effectuer d'autres formatages (merci à Michel) :
Sub PartieTexte()
   Range("A1") = "Et on souligne seulement une partie du texte."
   Range("A1").Characters(16, 13).Font.Underline = True
   Range("A1").Characters(16, 13).Font.ColorIndex = 3
   Range("A1").Characters(16, 13).Font.Size = 15
End Sub


A bientôt

Source : http://www.mrexcel.com/forum/excel-questions/715012-visual-basic-applications-underline-only-portions-text-single-cell.html

Gaetan